W 2004 roku powrócił do Serie A po trwającej 39 lat przerwie, dzięki zajęciu czwartego miejsca w rozgrywkach Serie B. W sezonie 2005/06 zajął osiemnaste miejsce w pierwszej lidze, co oznaczało degradację do Serie B. W wyniku afery Calciopoli klub pozostał jednak w Serie A po tym, jak Juventus F.C. został zdegradowany do drugiej ligi. Rok później klub zajął ostatnie miejsce w tabeli i w sezonie 2007/08 występował w rozgrywkach Serie B. Zajął w nich czternastą pozycję, jednak przez problemy finansowe został zdegradowany do Serie D. Jego miejsce w drugiej lidze zajęło U.S. Avellino. W sezonie 2008/09 zajął 12.miejsce w grupie I Serie D. Następnie został zarejestrowany nowy klub Associazione Calcio Rinascita Messina, który wykupił miejsce ligowe od FC Messina Peloro. W 2013 klub awansował do Lega Pro Seconda Divisione, a w 2014 do Lega Pro. W 2014 zmienił nazwę na Associazioni Calcio Riunite Messina. W 2017 ACR Messina została wykluczona z Lega Pro przez F.I.G.C. z powodu braku rejestracji i dopuszczona do rozgrywek Serie D jako Associazione Calcio Rilancio Messina Società Sportiva Dilettantistica a r.l.
Sukcesy Trofea międzynarodowe Nie uczestniczył w rozgrywkach europejskich (stan na 31-05-2017).
Trofea krajowe