W tym czasie Benedykt głosił Ewangelię mieszkającym w pobliżu pasterzom.
Gdy opat pobliskiego klasztoru zmarł, tamtejsi mnisi, poprosili Benedykta, by został następnym przełożonym klasztoru. Początkowo nie chciał się zgodzić, ale ostatecznie uległ namowom. Jako opat surowo przestrzegał własnej reguły zakonnej (bardziej wymagającej niż dotychczasowa reguła Mistrza) i wymagał tego od mnichów, którzy nie chcieli się podporządkować. Podjęli próbę zabicia Benedykta poprzez podanie mu zatrutego wina. Według tradycji chrześcijańskiej Benedykt miał odmówić modlitwę nad czarą, która się roztrzaskała. Wówczas przebaczył swoim współbraciom, zrezygnował z funkcji opata i powrócił do groty.
Do Benedykta zaczęli przybywać nowi uczniowie, dla których ten wybudował dwanaście małych klasztorów, dla dwunastu mnichów w każdym. W każdym z nich znajdował się jeden ojciec przełożony. Mieszkający w pobliżu kapłan Florencjusz był nieprzychylny Benedyktowi i, podobnie jak mnisi z Vicovaro, usiłował go otruć. Ponadto chciał wprowadzić zgorszenie w klasztorze Benedykta, przysyłając mnichom siedem dziewcząt, którym kazał tańczyć nago przed zakonnikami.