W czasach napoleońskich thumb|Odwrót spod Moskwy W grudniu roku 1806, po wycofaniu się Prusaków z Warszawy, Rautenstrauch wstąpił do wojsk polskich w randze kapitana. Pod koniec tego miesiąca został adiutantem przybocznym ks. Józefa Poniatowskiego. Wziął udział w kampanii roku 1807, za którą otrzymał wysokie i rzadko nadawane odznaczenie, Krzyż Kawalerski Virtuti Militari. W roku 1808 uzyskał awans na szefa sztabu I Dywizji i pułkownika. W kampanii roku 1809 odznaczył się pod Raszynem, pod Gorzycami i pod Sandomierzem, pod koniec tego roku otrzymał Order Legii Honorowej 5. klasy. W latach 1810–1812 brał udział u boku gen. Wielhorskiego jako wysoki urzędnik warszawskiego Ministerstwa Wojny w przygotowaniach do wojny z Rosją. W 1812 roku przystąpił do Konfederacji Generalnej Królestwa PolskiegoDziennik Konfederacyi Jeneralnej Królestwa Polskiego. 1812, nr 18, s. 165.. W czasie kampanii rosyjskiej Napoleona Rautenstrauch był zastępcą szefa sztabu 5. korpusu tzw. Grande Armée. Za dzielność w czasie szturmu Smoleńska 17 sierpnia 1812 otrzymał Legię Honorową 4. klasy. W czasie odwrotu Wielkiej Armii spod Moskwy chory Rautenstrauch jechał wraz z rannymi ks.