W październiku tegoż roku omal nie doszło do rozlewu krwi, gdy dwudziestotysięczny oddział „ochotników” wyruszył z Kiszyniowa celem rozprawienia się z mieszkańcami zbuntowanego obszaru. Dopiero wkroczenie od strony Bołgradu wojska wysłanego przez władze moskiewskie do Gagauzji położyły kres napiętej sytuacji. W sierpniu 1991 roku aresztowano liderów gagauskich Stepana Topala i M. Kendigelyana. Gagauzi z kolei utworzyli namiastkę swoich sił zbrojnych, którym stał się batalion „Budziak” złożony z 400 ochotników. Gagauzi, na licznych wiecach domagali się zachowania jako urzędowego, języka rosyjskiego, a także protestowali przeciwko niepodległości Mołdawii. Dopiero 23 grudnia 1994 roku Parlament Republiki Mołdawii przyjął „Ustawę o Specjalnym Prawnym Statusie Gagauzji (Gagauz Yeri)”. W roku 1995 odbyło się referendum mające na celu wytyczenie granic administracyjnych Gagauzji oraz ustanowienie stolicy Autonomii.
W Autonomii Gagauskiej (Gagauz Yeri), podobnie jak w Naddniestrzu, istnieją nastroje separatystyczne.