Kolejnym problemem dogmatycznym, którym zajmował się Grzegorz, była kwestia wiary w zmartwychwstanie ciał. W swojej polemice z patriarchą Konstantynopola Eutychiuszem udowadniał, że wiara w zmartwychwstanie ciał jest właściwa chrześcijaństwu. W spór zaangażował się nawet cesarz Tyberiusz II Konstantyn. Ostatecznie patriarcha Konstantynopola przyznał rację Grzegorzowi.
Grzegorz I podzielał naukę o ogniu oczyszczającym czyli czyśćcu jako stanie duszy, w którym zmarli nie zasługujący na potępienie oczekują zbawienia. Doktryna ta została przyjęta przez Kościół. W czasie reformacji potwierdził ją Sobór trydencki i jest obowiązująca w katolicyzmie do czasów obecnych.
Rozwijał również naukę Ewagriusza z Pontu, a później Jana Kasjana o grzechach głównych.
Dzieła thumb|250px|Ilustracja rękopisu Moraliów z XI w. z Bambergu Grzegorz był bardzo płodnym pisarzem i wywarł olbrzymi wpływ na kształtowanie się myśli chrześcijańskiej w zakresie duchowości i kościelnego prawodawstwa. Nie pisał jednak obszernych traktatów, lecz wypowiadał się w formach krótkich, głównie w epistolarnych i w kazaniach.