Organizacja Główna siedziba agencji znajduje się w Lizbonie, ale ma również biuro w Brukseli. Agencja podlega bezpośrednio Komisji Europejskiej. Agencja ma zarząd, w skład którego wchodzi po jednym przedstawicielu z każdego państwa członkowskiego, dwóch przedstawicieli Komisji oraz dwóch naukowców posiadających szczególną wiedzę w dziedzinie narkotyków, wyznaczanych przez Parlament Europejski na podstawie ich szczególnych kwalifikacji w tej dziedzinie. Prezes Zarządu wybierany jest na okres 3 lat. Zarząd może zapraszać na posiedzenia przedstawicieli organizacji międzynarodowych, z którymi Agencja współpracuje w charakterze obserwatorów np. ze Światowej Organizacji Zdrowia (WHO), grupy Pompidou Rady Europy (Pompidou group of the Council of Europe), UNODC, bądź z Interpolu lub Europolu.
Działalność Monitorowaniu przez agencję podlegają: profilaktyka, lecznictwo, skala używania narkotyków, sposoby używania narkotyków, dostępność narkotyków, problemy związane z narkotykami, przestępczość związana z narkotykami, postawy społeczne wobec narkotyków i narkomanii. Agencja udostępnia zebrane dane publikując co roku raport.