2000–2004 thumb|Valérien Ismaël w stroju domowym zespołu „Dumy Bawarii” W 2000 r. Bayern sięgnął po mistrzostwo kraju i zdobył również Puchar Niemiec. W 2001 r. Bawarczycy pokonali w finałowym meczu LM Valencię w rzutach karnych i tym samym osiągnęli to czego nie udało im się 2 lata wcześniej. Rok później monachijski klub zajął 3. miejsce w lidze, za Bayerem Leverkusen i Borussią Dortmund.
W 2003 Bayern zdobył mistrzostwo Niemiec po raz 18. oraz Puchar Niemiec po raz 10. w historii. Królem strzelców ligi, na pożegnanie z klubem, został Brazylijczyk Giovanne Elber (21 bramek, wspólnie z Christiansenem z VfL Bochum).
2004–2010 thumb|Luca Toni w barwach Bayernu W 2004 Bayern doszedł do 1/8 finału Ligi Mistrzów gdzie zmierzył się z Realem Madryt. W pierwszym meczu po błędzie Olivera Kahna, który przepuścił strzał z rzutu wolnego Roberto Carlosa padł remis 1:1. Na Santiago Bernabéu lepszy był Real i Bayern pożegnał się z Champions League. W Bundeslidze „Bawarczycy” musieli uznać wyższość Werderu Brema, zajmując ostatecznie 2. miejsce, natomiast z Pucharem Niemiec pożegnali się odpadając z drużyną 2. Bundesligi Alemannią Aachen.