Rozwój wsi został powstrzymany w czasie rejzy husytów na Śląsk, kiedy to Prudnik wraz z okolicznymi wsiami został ograbiony i spalony przez husytów.

Prudniccy rajcy nie zgadzali się na spłatę długu zmarłego w 1447 roku biskupa Konrada IV Starszego wobec kolegiaty otmuchowskiej. Z tego powodu, 23 marca 1464 Prudnik i okoliczne wsie, w tym Szybowice, zostały obłożone ekskomuniką zatwierdzoną przez papieża Piusa II. Historyk Antoni Dudek ustalił, że ekskomunikę odwołano w XVI wieku, jednak nie został ujawniony dokument zdejmujący klątwę z miasta wydany przez papieża.

XVI–XX wiek mały|upright|Pieczęć Szybowic (1881) Według urbarza zamku w Prudniku z 1534, mieszkańcy Szybowic byli zobowiązani płacić daninę księciu oraz właścicielowi zamku w Prudniku. Oddawali także dziesięcinę proboszczowi. Wieś zamieszkiwało wówczas 69 osób, a jej sołtysem był Jakiel. W tym okresie we wsi istniała gospoda, której właścicielem był Brendel. Otrzymał on potwierdzenie jej posiadania przez królową Izabelę. W 1540 parafia katolicka w Szybowicach została przejęta przez zwolenników luteranizmu. Jej pierwszym pastorem został Florian Daul von Fürstenberg. W 1561 właścicielem Szybowic została Rada Miejska Prudnika.