Wybuch wojny w 1939 r. i okupacja spowodowały całkowitą dewastację urządzeń uzdrowiskowych. Po okupacji wraz z ustaniem walk zaczęła następować normalizacja. W 1958 r. w Muszynie wznowiono działalność o charakterze uzdrowiskowym. W uzdrowisku leczy się choroby układu oddechowego i układu pokarmowego.
Kultura i turystyka
W mieście odbywają się następujące cykliczne imprezy: Festyn Nad Popradem Noc Świętojańska nad Popradem Święto Wód Mineralnych Jesień Popradzka Jarmark Muszyński
Uzdrowisko muszyńskie oferuje turystom możliwość pobytu w sanatoriach, zakładach przyrodoleczniczch, pensjonatach i licznych domach wypoczynkowych. Niewątpliwą atrakcją jest możliwość bezpłatnego korzystania z ogólnodostępnych pijalni wód mineralnych oraz z sezonowych punktów czerpalnych wód mineralnych. Poza tymi atrakcjami w Muszynie znajduje się kompleks basenów oraz lodowisko. W dzielnicy uzdrowiskowej Zapopradzie znajduje się Park Zdrojowy z ogrodami sensorycznymiOgrody zmysłów. oraz nowym placem zabaw.
Na terenie miasta w bezpośrednim sąsiedztwie miejscowości Milik znajduje się rezerwat przyrody Las Lipowy Obrożyska o powierzchni 100,38 ha, utworzony w 1957 r.
W 2008 r.