W 1580 była wsią duchowną Stołun (Stolwy), własnością biskupa poznańskiego, i położona była w powiecie poznańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Odnotowano wówczas pobór ze wsi od 8,5 łana, od 8 zagrodników po 6 groszy, od 3 zagrodników po 4 grosze, od 6 komorników, jednego kowala, od 2 półłanków karczmarskich oraz od jednego łana sołtysiegoAdolf Pawiński, Polska XVI wieku pod względem geograficzno-statystycznym, t. I, Wielkopolska, Warszawa 1883, s. 27..
W okolicach wsi archeolodzy znaleźli fragment naczynia smolarskiego, które uznano za ślad po historycznej produkcji smolarskiej. Znalezisko nie zostało datowane więc nie jest znany czas tej działalności gospodarczej.
Po II rozbiorze Polski Stołuń znalazł się w zaborze pruskim. W XIX wieku miejscowość odnotowana została przez Słownik geograficzny Królestwa Polskiego pod nazwą "Stołuń", a także pod zgermanizowaną, urzędową nazwą "Stalun". Wieś przynależała do okręgu pocztowego i parafii w Pszczewie. Znajdowało się w niej 69 dymów czyli domów zamieszkanych przez 566 mieszkańców w tym 517 było wyznania katolickiego, a 39 protestanckiego. Wieś liczyła w sumie 2013 hektarów w tym 1254 ziem uprawnych, 60 łąk, 410 lasu.