Kolejnymi zarządcami tych dóbr byli Ossolińscy, początkowo w 1618 Zbigniew, wojewoda sandomierski. Rok później oddał te ziemie pod zarząd syna, Krzysztofa Ossolińskiego, który ufundował tu kościół i klasztor reformacki w 1633 r.

Czasy I Rzeczypospolitej 15 marca 1649 r. Jan Kazimierz potwierdził dla Stobnicy prawo miejskie niemieckie oraz resztę przywilejów. Polecił m.in. odbywanie sądów w mieście 2 razy w tygodniu oraz zakazał Żydom mieszkać w pobliżu kościoła i rynku. Były to jednak ostatnie lata pomyślnego rozwoju i wspaniałej egzystencji tego miasta. W 1655 roku kościół farny został złupiony przez Szwedów. Większych zniszczeń jednak doznała Stobnica podczas najazdu sprzymierzonych ze Szwedami wojsk Księcia Siedmiogrodu Jerzego II Rakoczego. Złupiły one kościół, zamek i miasto dopuszczając się w nim wielu okrucieństw. Żołnierze spuścili też wodę ze stawu zamkowego spodziewając się w nim zatopionych skarbów. Zniszczeń dokonanych przez Szwedów i Węgrów dopełniła morowa zaraza, w wyniku której zmarło 600 parafian. Stopnica z trudem podniosła się z upadku. W 1741 r. w mieście odbył się proces o czary, który zakończył się wyrokiem skazującym, na śmierć przez ścięcie skazano dwie kobiety, których ciała następnie spalono.