Historia Osada wzmiankowana w 1615 jako wieś, powstała przypuszczalnie w początkach XVII w. u podnóża zamku w Stężnicy, będącego własnością Mikołaja lub Piotra herbu Gozdawa, syna Matjasza III, albo jego ojca Matjasza Bala z Hoczwi. Balowie wznieśli w tym miejscu zamek oraz kaplicę ok. 1510. W 1511 Piotr Herburt (1485–1532), dziadek poety Mikołaja Reja, przeprowadził rozgraniczenie dóbr pomiędzy swoją wsią Mchawą a Stężnicą, należącą do Mikołaja Bala. W miejscu rozgraniczenia powstała na nowo wieś i miasto Baligród.
W 1634 król Władysław IV wydał dokument, potwierdzający, że miasto – założone na prawie magdeburskim – dysponowało prawem składu wina oraz mogło urządzać dwa jarmarki rocznie. Baligród pozostawał we władaniu rodu Balów do 1770. Położony przy uczęszczanym trakcie handlowym na Węgry, posiadał dobre warunki rozwoju, słynął z wielkich targów, później podupadł i jeszcze przed 1915 utracił prawa miejskie.
Mieszkańcy miasta aktywnie zasilali powstanie styczniowe w 1863. Na przykład Jan Feliks Biliński (ur. 1851) w wieku 12 lat został jednym z najmłodszych powstańców styczniowych, Ludwik Riedl jako uczestnik powstania styczniowego z 1863, pojmany przez Rosjan, został zesłany na Syberię.