W odcinku Zimny Pot Xana dzięki zsumowanej mocy wszystkich replik tworzy nowego, potężnego potwora – kolosa, który w kolejnym epizodzie niszczy Skidbladnira. Jeremy’emu udaje się sprowadzić prawdziwego Williama na Ziemię. W przedostatnim odcinku serii Xana zostaje pokonany, ale za cenę życia Franza Hoppera. W ostatnim odcinku Jeremy za zgodą grupy wyłącza superkomputer i wychodzą z fabryki.
Kod Lyoko: Ewolucja
Nowy wątek fabularny otwiera się kilka miesięcy po rzekomym zniszczeniu Xany – po rozpoczęciu nowego roku szkolnego. Zupełnie odmieniony Xana powraca ze znienacka i zmusza bohaterów do ponownego uruchomienia superkomputera, oraz kontynuowania misji „Wojowników Lyoko”. Sam wirtualny świat przeszedł za sprawą wyłączenia superkomputera, takie jak zniknięcie dwóch sektorów, czy zmiana wyglądu wież. Okazuje się, że gdzieś na świecie istnieje bliźniak superkomputera, który również zawiera wirtualny świat, nazwany przez głównych bohaterów Korą (ang. Cortex). W jego sercu Aelita trafia na informacje dotyczące jej ojca i kulisów powstania obu superkomputerów. Dostępu do serca broni firewall pod postacią wojowników ninja. Do poruszania się po terytorium Kory wojownicy dostają od Jeremy’ego specjalny pojazd zwany Megapodem. Kolejną z nowych przeszkód jest niejaki Alan Meyer oraz korporacja Deckard Inc.