Jadwiga jako księżna bawarska Jadwiga w 1479 została księżną bawarską. W tym roku zmarł jej teść Ludwik IX Bogaty, a kolejnym księciem bawarskim na Landshut został Jerzy Bogaty. Małżeństwo Jadwigi okazało się nieudane – jej mąż znany był jako hulaka, pijak i rozpustnik. W 1485 Jerzy oddalił żonę z Landshut i osadził ją na zamku w Burghausen. Jadwiga mieszkała tam z dworem i liczną służbą, jednak – jak pisze kronikarz – pozbawiona wszelkich uciech światowych, miała młoda księżna jedyną pocieszycielkę swoją: samotność. Nie wiadomo czy – a jeżeli tak, to przez jaki czas – towarzyszyły jej dzieci.
Jadwiga, choć podpisywała się „geborene Königin von Polen” (urodzona królowa Polski), nie utrzymywała bliższych kontaktów ze swoją rodziną. 31 stycznia 1503 jej brat, Aleksander Jagiellończyk, pisząc do jej męża, nie wiedział, że Jadwiga nie żyła już od roku.
Pojawiła się informacja, że Jadwiga w Burghausen zajmowała się spisywaniem dziejów Wittelsbachów. Kwestia, czy tak było, naprawdę nie została jeszcze zbadana przez literaturę.
Jadwiga zmarła dość niespodziewanie. Została pochowana w klasztorze cystersów w Reitenhaslach, w pobliżu Burghausen. Jej grobowiec został zniszczony w 1803, gdy opactwo uległo sekularyzacji.