Budowa anatomiczna korzeni jest w niewielkim stopniu zróżnicowana wśród grup taksonomicznych roślin naczyniowych, ulega natomiast znacznym modyfikacjom w korzeniach wyspecjalizowanych do pełnienia dodatkowych funkcji.
Korzeń występuje niemal u wszystkich roślin naczyniowych, nieobecny jest jedynie u posiadających chwytniki psylotowych i niektórych roślin, u których korzeń zanikł wtórnie (np. u rogatków, pływaczy i wolfii bezkorzeniowej). Rośliny zakorzenione są zwykle w glebie, u epifitów wykształcają się korzenie powietrzne, u hydrofitów korzenie zanurzone.
Ze względu na sposób powstawania wyróżnia się korzeń pierwotny rozwijający się z zawiązka korzenia zarodkowego, korzenie boczne powstające jako odgałęzienia korzenia głównego w strefie różnicowania oraz korzenie przybyszowe powstające zwykle w części pędowej rośliny lub z korzeni w strefie ich budowy wtórnej. Korzenie tworzą silnie rozczłonkowany układ penetrujący podłoże, nazywany systemem korzeniowym. Stanowi on dolny biegun osiowych organizmów roślinnych, u których górny biegun to pęd. Korzenie w odróżnieniu od pędu nie wykształcają liści i zwykle rosną w dół, najczęściej są niezielone, choć niektóre korzenie powietrzne mogą zawierać chlorofil.