Między Wielką Rafą Koralową i wybrzeżem rozciągają się laguny. Ten obszar płycizn, który rzadko przekracza głębokość 100 m, pokrywa zamuloną warstwę chronioną przez przybrzeżne rafy. Od strony morza, zbocze rafy opada stromo na tysiące metrów w głąb morza. Rafa jest w tym miejscu narażona na działanie fal i wiatrów. Jednocześnie w miejscach, gdzie fale i temperatury są ekstremalne, rafy tracą największe ilości budulca. Duża część luźnego materiału zostaje ponownie związana i tworzy „nowe skały”. Rafa poddawana jest w ten sposób stałemu procesowi niszczenia i odbudowy.
Klimat Wielka Rafa Koralowa leży w całości w strefie klimatu tropikalnego, w strefie pasatów i w strefie cyklonów tropikalnych – tajfunów, które pojawiają się w okresie od listopada do maja. Dominującymi wiatrami są południowo-wschodnie pasaty, wiejące w okresie od kwietnia do października.
Nasilenie opadów zróżnicowane jest wraz z porą roku i położeniem geograficznym. Największe opady deszczów występują w lutym i marcu (jesienią). Najmniejsze opady notowane są pomiędzy marcem a październikiem. Na opady ma również wpływ zjawisko El Niño.