Moogle zostały wyposażone również w funkcje Mognet, która pozwala na otrzymywanie specjalnych listów. Muszą być one dostarczone przez głównego bohatera odpowiedniej postaci.
Gracz przemieszcza się pomiędzy kolejnymi lokacjami po trójwymiarowej odpowiednio zmniejszonej mapie świata Final Fantasy IX widzianej z kamery lotu ptaka. Ponadto gracz może swobodnie poruszać się po obszarze mapy, chyba że natrafi na przeszkody w postaci zbiorników wodnych czy pasm górskich. By przezwyciężyć ograniczenia geograficzne, gracz ma możliwość jazdy na chocobosach, płynięcia łodzią lub pilotowania sterowców. Podobnie jak w poprzednich częściach Final Fantasy podróżowanie po mapie świata i wrogich lokacjach przerywane jest losowymi potyczkami z przeciwnikami (ang. random encounter).
Final Fantasy IX prezentuje nowe podejście do kwestii związanej z eksploracją miasta w postaci funkcji Active Time Events (ATE). Pozwala ona graczowi na obejrzenie wydarzeń toczących się w innych lokacjach przez postacie zwykle związane z fabułą gry, zapewniając rozwój postaci, uzyskanie specjalnych przedmiotów oraz wskazówki co do dalszych kroków w grze. Kilkukrotnie w całej grze ATE zostają wykorzystane by jednocześnie kontrolować obie drużyny, gdy rozgrywka jest podzielona.