W listopadzie 1986 roku – po kilku miesiącach wspólnego tworzenia i koncertowania – Chris Collins, którego wizja rozwoju twórczego nie zgadzała się z wizją pozostałej czwórki, opuścił zespół. Pod koniec 1987 roku jego miejsce zajął Charlie Dominici – gitarzysta i wokalista zespołu Franke and the Knockouts. Dream Theater zaczął ponownie i jeszcze intensywniej koncertować w Nowym Jorku i okolicach. Słuch o nich dotarł w końcu do Mechanic Records – oddziału korporacji muzycznej MCA (Music Corporation of America). Zespół podpisał w 1988 roku z wytwórnią swój pierwszy kontrakt płytowy od razu rozpoczynając prace nagraniowe.
Album When Dream and Day Unite został wydany 6 marca 1989 roku, z dużo mniejszym niż zespół oczekiwał rozgłosem. Pierwsza koncertowa trasa promocyjna obejmowała 5 koncertów w stanach Nowy Jork i Rhode Island. Po czwartym Charlie Dominici został wyrzucony z zespołu z powodu osobistych i twórczych konfliktów z pozostałymi muzykami. Charlie zaśpiewał jednak jeszcze raz, niedługo po zwolnieniu, kiedy zespół Marillion poprosił Dream Theater o otwarcie ich koncertu w Nowym Jorku.