W II Rzeczypospolitej wieś w powiecie sanockim województwa lwowskiego. W lipcu 1939 w Zahutyniu została poświęcona Szkoła im. Władysława Beliny-Prażmowskiego, która jednocześnie została oddana pod opiekę Związku Beliniaków. 4 listopada 2022 roku odbyło się święto Szkoły i patrona Szkoły im. Władysława Beliny-Prażmowskiego w Zahutyniu.
Według danych z końca lat 30. Zahutyń liczył około 1080 mieszkańców, w tym około 780 Ukraińców wyznania greckokatolickiego, około 100 Rusinów wyznania greckokatolickiego, około 100 Polaków wyznania rzymskokatolickiego oraz około 100 Polaków ochrzczonych w cerkwi. Mieszkańcy zarabiali pracując w miejscowym dworze. Przed 1939 we wsi działały organizacje oświatowe Proswita (ukraińska) i Towarzystwo Szkoły Ludowej (polska).
Podczas II wojny światowej w okresie okupacji niemieckiej wieś została przemianowana na Zakutin.
W 1945 nacjonaliści ukraińscy z OUN-UPA zamordowali tutaj 13 Polaków.
W latach 1972–1977 Zahutyń był w granicach administracyjnych miasta Sanok jako osiedle. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa krośnieńskiego.