W 1810 r. wprowadzono centralistyczny system administracyjny wzorowany na francuskim, w konsekwencji Podgórze zostało włączone do Krakowa. Po raz pierwszy w historii granice administracyjne miasta Krakowa sięgnęły na południe poza główne koryto Wisły. Kraków został podzielony na cztery gminy (dzielnice); Podgórze zostało IV gminą, zachowując jednak odrębność administracyjną. W 1815 r. kongres wiedeński zdecydował o podziale ziem Księstwa Warszawskiego – odłączył Podgórze, które wróciło do Austrii, od terenów Rzeczypospolitej Krakowskiej. Wisła została rzeką graniczną pomiędzy Wolnym Miastem Krakowem a Galicją.
W połowie XIX w. rozpoczęto budowę systemu fortyfikacji w obrębie Podgórza, m.in. ufortyfikowano kopiec Krakusa, który został otoczony fortem i głęboką fosą, oraz Krzemionki Podgórskie, na których wzniesiono dwie tzw. „baszty maksymiliańskie”. Na wzniesieniach stanowiących dalekie przedpola Podgórza wybudowano forty, m.in. w Prokocimiu, Rajsku, Wróblowicach, Skotnikach, Pychowicach, Bodzowie.
W Podgórzu wydawano lokalne pismo. Był nim społeczno-literacki tygodnik „Podgórzanin”, wydawany i redagowany przez Karola Breuera. Pierwszy jego numer ukazał się 1 stycznia 1900 r. Wydano 22 numery „Podgórzanina”. Ich treść stanowi m.in. kronikę codziennego życia mieszkańców Podgórza na przełomie wieków.