W latach 1987–1989 szef sztabu-zastępca dowódcy Śląskiego Okręgu Wojskowego. We wrześniu 1989 został mianowany dowódcą ŚOW. W 1990 awansowany na stopień generała dywizji. W sierpniu 1992 prezydent RP Lech Wałęsa, na wniosek ministra obrony narodowej Janusza Onyszkiewicza, mianował go na stanowisko szefa Sztabu Generalnego Wojska Polskiego. Brał udział w tzw. obiedzie drawskim. Jego rolę w tamtych wydarzeniach opisał szczegółowo tygodnik „Przegląd”:
Wilecki z Malejczykiem należeli do najważniejszych kucharzy przygotowujących słynny «obiad drawski». Byli w tę aferę zanurzeni po epolety. Byli najbliższymi stronnikami Wałęsy prącego do pełni władzy w Polsce. Jeden z najważniejszych celów na tej drodze stanowiło wyjęcie spod władzy i kontroli ministra obrony narodowej – wówczas Piotra Kołodziejczyka – Wojskowych Służb Informacyjnych i podporządkowanie ich szefowi Sztabu Generalnego.
W 1992 otrzymał awans na stopień generała broni. W marcu 1997 prezydent RP Aleksander Kwaśniewski odwołał go ze stanowiska. W czerwcu 1998 został zwolniony z zawodowej służby wojskowej i przeszedł w stan spoczynku.
W 1996 należał do grupy generałów - współzałożycieli Klubu Generałów WP.