Z kolei w okresie Średniego Państwa, w latach 2050-1750 p.n.e. zaczął się kształtować, kult Boga Amon, którego kult był silnie zakorzeniony w Hermopolis. XIV wiek p.n.e przyniósł, za sprawą króla Amenhotepa, (znanego też jako Echnaton), krótkotrwały epizod monoteizmu, w trakcie którego dopuszczalny był wyłącznie kult boga Atona, utożsamianego z tarczą Słońca. Śmierć Echnatota przyniosła powrót do tradycyjnej formy kultu religii staroegipskiej.
Istotny był też kult zwierząt, gdyż wierzono, że Bogowie przybierają ich postać. Doktryna ta wymagała więc traktowania ich jako istoty święte, zaś ich złe traktowanie, postrzegano jako grzech. Najsilniejszy był kult kotów, które udomowiono w Starożytnym Egipcie mniej wiecej 3500 lat temu. Cześć oddawana tym zwierzętom była tak silna, że po ich śmierci, poddawano je nawet balsamowaniu, a ich pochówek często odbywał się w świątyniach.
Doktryna
W doktrynie religii staroegipskiej, cały świat jest zawarty w jednej istocie boskiej, która poprzez swoje bezgraniczne formy i emanacje jest jest początkiem istninia otaczającej rzeczywistości. Do najważniejszych Bogów tego kultu zalicza się: