Przygotował wówczas pracę o toksynie zarazka duru plamistego, która po wojnie stanowiła podstawę do ubiegania się o stopień doktora. Po rozwiązaniu przez Niemców Instytutu w marcu 1944 (wobec szybko zbliżającego się frontu), w maju 1944 wyjechał do Białej Podlaskiej. Wezwany do rannego polskiego partyzanta stopniowo zaangażował się w stworzenie służby medycznej lubelskiego oddziału AK. Jako lekarz 34 pułku piechoty Armii Krajowej uczestniczył w akcji „Burza” w powiecie bialskim.
4 grudnia 1944 powierzono mu zorganizowanie w Lublinie Zakładu Szczepionki przeciw Durowi Plamistemu im. R. Weigla, podlegającego początkowo Naczelnemu Nadzwyczajnemu Komisariatowi do Walki z Epidemiami, a od maja 1945 Państwowemu Zakładowi Higieny. Kierował tym zakładem do jego likwidacji we wrześniu 1946.
W maju 1946 uzyskał stopień doktora nauk medycznych na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego. Promotorem był prof. Rudolf WeiglZnajomość z prof. Rudolfem Weiglem, która stopniowo przerodziła się w przyjaźń obu naukowców, przetrwała trudne lata powojenne, gdy prof. Weigl popadł w niełaskę komunistycznych władz i środowisk naukowych. Prof. Kryński walczył o przywrócenie dobrego imienia i zachowanie pamięci o prof. Weiglu.