Pod koniec 1941 roku powrócił do Bernburga, aby pomóc w demontażu znajdujących się tam „urządzeń eksterminacyjnych”.
Sobibór Wiosną 1942 roku, podobnie jak wielu innych uczestników akcji T4, został przeniesiony do okupowanej Polski, aby wziąć udział w eksterminacji Żydów. Przyznano mu także stopień SS-Oberscharführera. Pod koniec kwietnia 1942 roku rozpoczął służbę w nowo utworzonym obozie zagłady w Sobiborze. Wkrótce objął funkcję kierownika obozu I, czyli strefy mieszkalnej dla „Żydów pracujących”, którym oszczędzono natychmiastowej śmierci w komorach gazowych (zastąpił na tym stanowisku Bruno Weissa). To on najczęściej prowadził tam poranne apele. Odpowiadał za bezpieczeństwo Reichsführera-SS Heinricha Himmlera, gdy ten przeprowadzał inspekcję w Sobiborze.