Rękopis został nabyty w Kairze przez Bodmera w 1952 roku od handlarza. Handlarz nigdy nie wyjawił miejsca, z którego pochodzi rękopis. Pomimo tego uczeni domyślali się, że pochodzi on z regionu pomiędzy Panopolis (dzisiaj Achmim) a Tebami. W dwadzieścia lat po odkryciu, James Robinson, ekspert od rękopisów z Nag Hammadi, wskazał, że pochodzi z Jabal Abu Mana, położonego 12 km od Jabal al-Tarif, miejsca odkrycia rękopisów z Nag Hammadi. Robinson przypuszczał, że wraz z pozostałymi rękopisami Bodmera należał do biblioteki klasztoru Pachomiusza założonej około 320 roku. Pachomiusz często bywał w Aleksandrii i stamtąd mógł go przywieźć.
Miejsca przechowywania Kurt Aland zauważył, że przechowywany w Kolonii fragment papirusu Inv. Nr. 4274/4298 przekazuje tekst Ewangelii Jana i należał do tego samego rękopisu, co P. Bodmer II. Fragment ten zawiera tekst Jana 19, 8-11. 13-15. 18-20. 23-24. Przed Alandem fragment ten nie był identyfikowany jako rękopis Nowego Testamentu.