W dniu ingresu, 7 stycznia 2007 Nuncjatura Apostolska w Polsce poinformowała, że tego dnia arcybiskup Stanisław Wielgus złożył rezygnację z urzędu, którą papież Benedykt XVI przyjął. Dzień później Biuro Prasowe Stolicy Apostolskiej wydało komunikat informujący, że rezygnacja została przyjęta z dniem 6 stycznia 2007. Równocześnie hierarcha został mianowany arcybiskupem tytularnym Viminacium. W tym samym roku przeniósł się na stałe do Lublina, zostając tamtejszym rezydentem.
W strukturach Konferencji Episkopatu Polski pełnił funkcje: asystenta Krajowej Rady Katolików Świeckich (1999–2001), przewodniczącego Rady Naukowej (2001–2007), członka Rady Stałej (2002–2007), współprzewodniczącego ze strony kościelnej Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i KEP (2004–2007), ponadto w 2002 wszedł w skład Zespołu ds. Duszpasterskiej Troski o Radio Maryja. Z nominacji papieża Jana Pawła II z 19 stycznia 2005 został konsultorem Kongregacji ds. Edukacji Katolickiej.
Odznaczenia i wyróżnienia W 1993 prezydent RP Lech Wałęsa nadał mu Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski.
Przyznano mu honorowe obywatelstwo Pułtuska (2005) i Płocka (2006).