Drugim ważnym reżyserem Ghibli był Isao Takahata, który zadebiutował głośnym animowanym dramatem wojennym Grobowiec świetlików (1988), rewizją sensu poczucia dumy u Japończyków skutkującego wojną ze Stanami Zjednoczonymi i tragicznymi konsekwencjami dla jednostek. Powrót do marzeń jest z kolei sentymentalnym obrazem czasów dzieciństwa, przywiązującym uwagę do ładu panującego w przyrodzie. Kolejny film Takahaty pod nazwą Szopy w natarciu (1994) opowiada o konsekwencjach gwałtownej modernizacji Japonii, stanowi przykład dzieła postmodernistycznego z odwołaniami do jej kultury wizualnej. Z kolei Rodzinka Yamadów (1999) dokonała przekształcenia rozrywkowej mangi w dzieło refleksyjne.
Głównym producentem studia jest Toshio Suzuki. Począwszy od Szeptu serca z 1995, Suzuki produkuje większość ich filmów, będąc jednym z najbardziej zaufanych współpracowników Miyazakiego.
Do innych reżyserów tworzących dla studia należą mniej znani twórcy, tacy jak: Tomomi Mochizuki (Szum morza, 1993), Yoshifumi Kondō (Szept serca, 1995), Hiroyuki Morita (Narzeczona dla kota, 2002) oraz Gorō Miyazaki (Opowieści z Ziemiomorza, 2006).
Pierwszym filmem produkcji niejapońskiej był Czerwony żółw (2016) w reżyserii Michaëla Dudok de Wita.