W 1612 roku doszło do krwawej potyczki pomiędzy chłopami z Barkowa i okolicznych wiosek z wojskiem pułkownika Denhoffa którzy plądrowali okolice z braku żołdu, zginęło wtedy 33 żołnierzy. Barkowo w połowie XVI wieku było parafią, ale od 1617 roku stało się filią Chrząstowa. Potop Szwedzki spowodował zmniejszenie drastyczne liczby ludności i zubożenie miejscowości.
Według Spisu Pruskiego z 1772 roku głów rodzin w miejscowości mieszkali:Christian Hopp, George Rödöak,Christian Mitkie, Elizabetha Milbratin, Jacob Markienhagen, Andreas Mitkie, Martin Mitkie, Andreas Bonin, Johann Hopp, Johann Reding, Johann Bonin, Christian Hopp, Christian Lemkie, Andreas Milkie, Johann George Berndt, Michael Kortz, Christian Egbert, Daniel Schultz, Johann Zülkie,Daniel Frölkie,Joseph Matz, Gottlieb Fruk, Dorota Hintzin, Marjana Wolfin, Catherina Stookin, Marjana Stookin, Eleonora klotzen, Eleonora Kropkin, Johann Pock, Michael Buchholtz, Johann BöhnelkieOdpis katastru kontrybucyjnego Prus Królewskich 1772-1773 znajdujący się w Archiwum państwowym w Toruniu..
W latach 1954–1971 wieś należała i była siedzibą władz gromady Barkowo, po jej zniesieniu w gromadzie Chrząstowo. W latach 1975–1998 wieś administracyjnie należała do województwa słupskiego.