Poszczególne części wsi należały do różnych właścicieli, którzy wciąż się zmieniali, ustawicznie prowadząc spory i procesy o działy, spadki, miedze, lasy itp.
W 1708 właścicielka dóbr będkowskich Maria Józefa z Wesslów poślubiła królewicza Konstantego, syna Jana III Sobieskiego, wówczas weszły one jako część posagu w skład dóbr królewskich.
Kolejnymi znanymi z imienia i nazwiska właścicielami wsi była rodzina Bzowskich. Upamiętnia ich znajdujący się na południowo-wschodnim krańcu wsi Kopiec Bzowskich zwieńczony krzyżem. Znajduje się tam tablica upamiętniająca Hiacynta Janotę-Bzowskiego (1750–1808) oraz Kazimierza Janotę-Bzowskiego (1792–1862). Przy odpowiedniej widoczności z kopca widać Kraków i panoramę Tatr.
W okresie zaborów Będkowice znajdowały się pod administracją rosyjską, leżąc tuż przy granicy z galicyjską częścią monarchii austriackiej, a później austro-węgierskiej. Doliną Będkowską przebiegała granica między tymi zaborami, której strzegła nieistniejąca już strażnica rosyjska.