W okresie międzywojennym flaga żółto-zielono-czerwona budziła kontrowersje i rozważano nawet jej zmianę. Proponowano flagę zielono-biało-czerwoną (barwy stowarzyszeń studenckich z Litwy Mniejszej na przełomie XIX i XX w. o dużym znaczeniu dla kultury litewskiej) lub czerwono-biało-żółtą (barwy Pogoni). Wszelkie dyskusje ucięła jednak w 1940 r. okupacja sowiecka. Flaga żółto-zielono-czerwona stała się niekwestionowanym symbolem niepodległego państwa, kultywowanym na emigracji i w pamięci narodowej.
W czasach sowieckich używanie dawnej flagi było zabronione. Litewskiej SRR przydzielono nową flagę, czerwoną z mniejszymi pasami zielonym i białym. Flagę żółto-zielono-czerwoną przywrócono dopiero w 1988 roku w wyniku przemian demokratycznych na Litwie i przyjęto oficjalnie 20 marca 1989 r.
Od tego okresu obowiązywały proporcje boków 1:2, w 2004 r. wprowadzono układ 3:5.