i 27 Dywizji Piechoty, lecz nie doszło do tego na skutek – fałszywej, jak się później okazało – informacji o zajęciu Świecia przez nieprzyjaciela. 3 i 4 września okręty uczestniczyły swoimi karabinami maszynowymi w osłonie przed lotnictwem mostów w Toruniu. W nocy 5/6 września, wykorzystując brandery wykonane z kajaków i miny pływające, flotylla zniszczyła przeprawę niemieckiej 3 DP pod Topólnem. 6 września, wobec polskiego odwrotu, została skierowana do Włocławka.
9 września rano OW „Wisła” otrzymał rozkaz wycofania się w górę rzeki do Modlina. Okazało się to jednak zadaniem niewykonalnym dla większości okrętów z powodu niskiego stanu wody w Wiśle i występowania dużych mielizn. Część kutrów i jednostki pomocnicze (krypy) pozostały pod Dobrzyniem. ORP Nieuchwytny i kutry meldunkowe KM-12 i KM-13 pozostały przed Płockiem, nie mogąc sforsować mielizny koło Brwilna. Jedynie ścigacz KU-30 zdołał sforsować przeszkody i przedarł się przez opanowane przez nieprzyjaciela Płock oraz Wyszogród do Modlina, pomimo ostrzału z brzegu oraz zawalonych mostów na rzece w Płocku i Wyszogrodzie. Pozostałe jednostki uległy samozatopieniu 10 września, a KU-30 został samozatopiony przed kapitulacją Modlina.