W 1508 miasto leżało w powiecie poznańskim Korony Królestwa Polskiego, a w 1510 w powiecie kościańskim. Po 1428 była siedzibą własnej parafii. W 1528 koło Brójec przebiegała nieuregulowana granica polsko-śląska. W 1519 król polski Zygmunt Stary mianował Piotra Opalińskiego przełożonym wielkopolskich komór celnych w tym m.in. komory celnej w Brójcach. W 1530 w okolicy miejscowości ustalono granice usypując nowe kopce graniczne na granicy z Brandenburgią.
Wieś wspominały historyczne dokumenty prawne, własnościowe i podatkowe. W 1566 mieszczanie uprawiali 8,5 łana i płacili grzywnę podwójnego szosu. W 1581 było 8,5 łana uprawianych przez mieszczan, a 4 komorników płacili dwa floreny 24 groszy szosu podwójnego. Ogółem płacili 12 florenów i 27 groszy.
Proces organizowania miasta trwał wolno, co było spowodowane niewielką liczbą kolonistów. Dopiero w roku 1603 Brójce otrzymują pełne prawa miejskie z rąk Zygmunta III. Istniał tu zbór luterański. W 1614 król odebrał kościół innowiercom i z powodu jego nikłej dotacji przyłączył go jako kościół filialny do parafii BabimostHenryk Merczyng, Zbory i senatorowie protestanccy w dawnej Rzeczypospolitej, Warszawa 1904, s. 23..