Mosdorf nie wszedł do żadnej frakcji, stał na uboczu, nie angażował się w działalność nielegalnego wówczas ONR.

Po rozwiązaniu ONR zajmował się filozofią, utrzymywał regularne kontakty z profesorem Władysławem Tatarkiewiczem i uczestniczył w jego seminariach. Z pozycji politycznego outsidera zaczął współpracę ze Stanisławem Piaseckim, wydawcą renomowanego tygodnika społeczno-kulturalnego „Prosto z Mostu”. Współpraca ta trwała nieprzerwanie do wybuchu wojny. W 1938 wydał w dwóch tomach studium społeczno-polityczne pt. Wczoraj i jutro.

Konspiracja w czasie II wojny światowej Z chwilą okupacji kraju, wrócił w szeregi działającego w konspiracji Stronnictwa Narodowego. 4 grudnia 1939 uczestniczył w inauguracyjnym posiedzeniu członków redakcji „Walki”, organu SN. Później pomagał przy jej redagowaniu naczelnemu, Stanisławowi Piaseckiemu. Był członkiem centralnego wydziału propagandy Zarządu Głównego SN, był też czynny w tworzących się strukturach wojskowych – późniejszej Narodowej Organizacji Wojskowej.

W czerwcu 1940 został aresztowany przez Gestapo i osadzony na Pawiaku.