21 listopada 2006 ogłosił zakończenie kariery zawodniczej, powodem był brak motywacji do treningu.
W marcu 2007 francuski dziennikarz Damien Ressiot opublikował w gazecie „L'Equipe” tekst o podwyższonym poziomie testosteronu i hormonu luteinowego w próbce pobranej od Thorpe’a w 2006. W listopadzie 2007 FINA oczyściła Iana z zarzutu stosowania środków dopingowych.
W lutym 2011 wrócił do pływania.
Rekordy świata Data Miejsce Konkurencja Rezultat Status23 sierpnia 1999 Sydney200 m stylem dowolnym1:46.34 mindo 24 sierpnia 199924 sierpnia 1999 Sydney200 m stylem dowolnym1:46.00 mindo 14 maja 200014 maja 2000 Sydney200 m stylem dowolnym1:45.69 mindo 15 maja 200015 maja 2000 Sydney200 m stylem dowolnym1:45.51 mindo 17 września 2000 Pieter van den Hoogenband27 marca 2001 Hobart200 m stylem dowolnym1:44.69 mindo 25 lipca 200125 lipca 2001 Fukuoka200 m stylem dowolnym1:44.06 mindo 27 marca 2007 Michael Phelps22 sierpnia 1999 Sydney400 m stylem dowolnym3:41.83 mindo 13 maja 200013 maja 2000 Sydney400 m stylem dowolnym3:41.33 mindo 16 września 200016 września 2000 Sydney400 m stylem dowolnym3:40.59 mindo 22 lipca 200122 lipca 2001 Fukuoka400 m stylem dowolnym3:40.17 mindo 30 lipca 200230 lipca 2002 Manchester400 m stylem dowolnym3:40.08 mindo 26 lipca 2009 Paul Biedermann26 marca 2001 Hobart800 m stylem dowolnym7:41.59 mindo 24 lipca