We wrześniu 2005 ogłosił zamiar kandydowania w wyborach prezydenckich w 2006. Wystartował jako kandydat niezależny, ponieważ Partia Socjalistyczna oficjalnie wysunęła kandydaturę byłego prezydenta Mária Soaresa. W wyborach zajął 2. miejsce z poparciem 20,7% głosów, przegrywając z popieranym przez centroprawicę Aníbalem Cavaco Silvą, który zapewnił sobie wygraną już w pierwszej turze. W wyborach prezydenckich w 2011 ponownie ubiegał się o funkcję prezydenta z poparciem Partii Socjalistycznej, Bloku Lewicy i Demokratycznej Partii Atlantyku. Dostał 19,7% głosów, zajmując ponownie 2. miejsce w pierwszej turze głosowania, w której urzędujący prezydent Aníbal Cavaco Silva zapewnił sobie reelekcję.
Manuel Alegre jest autorem utworów prozatorskich i poetyckich. Wiele z jego wierszy zyskało popularność jako pieśni, wykonywane m.in. przez Zeca Afonso i Adriana Correia de Oliveirę. W 2005 został uhonorowany pomnikiem w Coimbrze.