Historia Niewielka wieś, najczęściej wymieniana razem z położonym po drugiej stronie Popradu Młodowem, istniała już przed 1348, gdy Kazimierz Wielki lokował Piwniczną. Głębokie było przysiółkiem Piwnicznej i wraz z nią była własnością królewską (starostwo sądeckie).
W sierpniu 1770 wieś znalazła się w granicach państwa Habsburgów, początkowo w Królestwie Węgierskim, a od stycznia 1773 w Galicji. W 1785 wieś włączono do skarbu cesarskiego zwanego „Kamerą” (K.k. Cameral Amt). W czasach autonomii galicyjskiej Głębokie należało do gminy miejskiej Piwniczna. W 1887 wieś liczyła 24 domy i 137 mieszkańców.
W 1814 w wąskiej dolince potoku Głęboczanka pasterz Michał Cięciwa odkrył źródła wody mineralnej. Pierwsze badania tych wód przeprowadził w 1860 dr Onufry Trembecki (lekarz zdrojowy ze Szczawnicy), zbadał skład chemiczny 4 źródeł, m.in. zdroju zwanego później „Kingą” lub Zdrojem św. Kingi. W 1882 dr B. Radziszewski, profesor chemii Uniwersytetu Lwowskiego, dokonał analizy chemicznej wody (szczawa wodorowo-węglanowo-sodowo-wapniowo-magnezowa). W 1877 właściciel F. Jadek doprowadził do zagospodarowania i eksploatowania źródeł. Źródła obudowane kamienną cembrowiną znalazły się pod dachem drewnianego, częściowo murowanego budynku. Amatorzy wodolecznictwa przeprowadzali kuracje na własną rękę, ponieważ nie było lekarza zdrojowego.