Po ścięciu Ludwika XVI (21 stycznia 1793) została 1 sierpnia przewieziona do więzienia zwanego Conciergerie i oskarżona o spisek przeciwko Francji. W więzieniu przyjęto byłą królową z szacunkiem. Cela była prymitywna – stało w niej tylko łóżko i malutki parawan do załatwiania potrzeb osobistych. Choć początkowo królowa uchodziła za atrakcję, z czasem ludzie zaczęli jej współczuć. Prywatne osoby szykowały plany uwolnienia królowej, jednak były one z góry skazane na przegraną, ponieważ Austriaczka nie chciała zostawić dzieci we Francji. Marię Antoninę poddano potajemnie wstępnemu przesłuchaniu 12 października. Kiedy przyprowadzono królową do sądu, oczom widzów ukazała się blada, siwowłosa i wychudzona, ale przy tym dumna kobieta. Nieustanne krwotoki, trzymanie w zamknięciu przez dziewięć tygodni oraz przypuszczalnie rak macicy spowodowały znaczne pogorszenie się jej stanu zdrowia.
Proces thumb|200px|Maria Antonina przed żołnierzami rewolucji