Odtąd Zamoyscy włączając w 1589 roku wieś do Ordynacji, władali nią aż do XIX stulecia. 1580 – na gruntach Kalinowic i Skokówki założone zostało miasto Nowe Zamoście. 1730–1733 – dzierżawcami wsi byli szlachcice Józef Wojucki i Jerzy Radecki, chorąży bełski (wobec klęsk i zniszczeń z II poł. XVII i początku XVIII wieku oraz nieudolności zarządu Ordynacji Zamoyscy zastawiali swoje dobra, lub oddawali je w kilkuletnią dzierżawę w zamian za udzieloną pożyczkę). 1730 – we wsi powstał ordynacki browar, a rok później folwark. 4 kwietnia 1813 – atak (podczas oblężenia Zamościa przez wojska rosyjskie) dokonany przez polskich obrońców twierdzy i chwilowe oswobodzenie Kalinowic z rąk nieprzyjaciela. 1830–1831 – powstanie listopadowe, wieś znajdowała się w obrębie twierdzy Zamość. 1883 – ordynat Konstanty Zamoyski podjął plan przesiedlenia do Kalinowic wszystkich Żydów, którzy mieszkali w dobrach ordynackich. Akcja ta zakończyła się prawdopodobnie niepowodzeniem. 1 lipca 1917 – w Kalinowicach powstało koło Polskiej Macierzy Szkolnej, do którego należało 47 osób. Dzięki wysiłkom jego członków powstała biblioteka. 1936–1937 – strajki na polskiej wsi.