Po śmierci Ścibora Kiełpin z połową dóbr przypadł jego synowi Janowi Sąchockiemu z Obrębu, który w 1444 sprzedał go swojemu kuzynowi Janowi z Węgrzynowa herbu Rogala, marszałkowi dworu księcia mazowieckiego Bolesława IV, późniejszemu wojewodzie mazowieckiemu (1466–1472).
8 lutego 1461 w Jeżowie biskup poznański Andrzej Bniński wydzielił teren nowej parafii z dotychczasowej parafii w Łomnach Wielkich, erygował parafię w Kiełpinie oraz poświęcił drewniany kościół fundacji Jana z Węgrzynowa.
W 1603 roku parafia w Kiełpinie prowadziła szkołę, znajdującą się przy budynku plebanii, a sama parafia liczyła 300 osób. W 1792 roku na skutek wylewów Wisły, kościół w Kiełpinie uległ znacznym zniszczeniom. W 1864 roku spłonął dach i dzwonnica. W wyniku powodzi kościół uległ zniszczeniu i w 1924 r. nastąpiło przeniesienie parafii do Łomianek. Parafia Kiełpin liczyła w końcu XIX wieku 900 mieszkańców. Nowy budynek kościoła powstał w 1926 w Łomiankach, następnie uszkodzony w czasie II wojny światowej, po wielu remontach rozebrany w 2003 roku.
Wieś od XIX wieku znajdowała się w powiecie warszawskim w gminie Młociny. Po włączeniu Młocin do Warszawy w latach 50. XX wieku powstała gmina Łomianki, do której obecnie należy wieś Kiełpin.