Pierwszy raz wieś Klecie (pod nazwą Clececi) została wymieniona w dokumentach legata papieskiego Idziego w latach 1123–1125, zatwierdzających posiadłości opactwa benedyktynów w Tyńcu. Oprócz niej w dokumencie pojawiają się nazwy: Pilzno, Brzostek (jako Brestek), Dęborzyn (jako Doborin) oraz Vnochovichi (prawdopodobnie Januszkowice). W tamtym czasie największą z tych osad były Klecie, będące wówczas sanktuarium św. Leonarda – znajdował się tu kościół, słynący z licznych cudów. Od XIV w. miejscowość była siedzibą rozległego dekanatu, obejmującego m.in. Jasło, Biecz, Zręcin czy Nowy Żmigród.
W 1353 r. wsie w okolicy Brzostku weszły w posiadanie trzech braci: Piotra, Chodka i Ostaszka, którzy otrzymali je od Kazimierza Wielkiego w zamian za zasługi w walkach na Rusi. Wśród nich znalazły się Klecie, Januszkowice i Skurowa – prawa do tych trzech miejscowości rościli sobie także opaci tynieccy. Stały się one przedmiotem sporów, w których interweniowali papieże. Ostatecznie Klecie podzielono pomiędzy benedyktynów oraz synów Piotra: Iwana i Dymitra.