Początkowo uczył się w gimnazjum w Płocku. Później, gdy rodzice Ignacego Mościckiego przenieśli się do Skierbieszowa, gdzie ojciec dzierżawił majątek ziemski, zaczął uczęszczać do gimnazjum w Zamościu. Ze względu na niechęć do rusyfikacji, jakiej był poddawany, przeniósł się do Warszawy, gdzie kontynuował naukę najpierw w szkole Pankiewicza, a później w szkole realnej Babińskiego (ukończył ją w 1887). Był szczególnie uzdolniony w zakresie nauk matematyczno-przyrodniczych.

Studiował chemię na wydziale technologii chemicznej politechniki w Rydze. Podczas studiów został członkiem a wkrótce potem gospodarzem Korporacji Akademickiej „Welecja”. W Rydze zawiązał wśród polskich studentów i żołnierzy miejscowego garnizonu konspiracyjne tzw. „kółko oświatowe”. Wraz z innymi korporantami z „Welecji” został członkiem Ligi Narodowej, a później także Związku Młodzieży Polskiej „Zet” (pod przywództwem Zygmunta Balickiego). Studia na ryskiej politechnice ukończył w 1891 roku.

22 lutego 1892 poślubił w Płocku Michalinę Czyżewską. Był z nią blisko spokrewniony (była córką ciotki Mościckiego), ślub wymagał więc dyspensy udzielonej przez papieża.