Pierwsze prawo lokacyjne (prawo chełmińskie) zostało nadane wsi około roku 1319. Niemiecka nazwa wsi Notzendorf pochodzi od nazwiska bogatego właściciela ziemskiego (bauera) Nocze. Miejscowość podlegała pod komturię dzierzgońską, a bezpośrednio była administrowana przez komornictwo w Fiszewie. Krzyżanowo stanowiło główny ośrodek religijny dla ludności wyznania katolickiego z okolicznych wsi. W 1330 r. mieszkańcy sąsiedniej wsi Stare Pole zostali zobowiązani do płacenia dziesięciny dla kościoła w Krzyżanowie. Polski król Kazimierz odnowił lokację wsi w roku 1476.
Do końca II wojny światowej wieś Notzendorf leżała w granicach Prus Wschodnich w rejencji Westpreussen. Po wojnie ludność niemiecka została wysiedlona, a do wsi, która zmieniła nazwę na Krzyżanowo, przybyli osadnicy z całej Polski.
W Krzyżanowie powstała w 1408 r. szkoła dla dzieci z parafii katolickiej. Szkoła ta przetrwała do 1934 roku w budynku przy ulicy Kościelnej (w budynku dawnego sklepu spożywczego i klubokawiarni).
Zabudowa wiejska Krzyżanowa pochodzi z XIX i XX wieku. Nie zachowały się przykłady dawnego drewnianego budownictwa ludowego. W zachodniej części wsi stoi dom dużego gospodarza, mieszkalny z zagrodą, z IV ćwierci XIX wieku.