W rzeczywistości badanie było nastawione na poznanie przebiegu nieleczonej kiły i określenie, czy choroba powoduje większe uszkodzenia w układzie nerwowym czy układzie krążenia, oraz ustalenie różnic w przebiegu choroby u białych i czarnych. W 1947 penicylina stała się standardem leczenia kiły, ale mężczyznom tym nigdy nie powiedziano, że chorują na kiłę, ani też nie zaproponowano leczenia, nawet salwarsanem lub innym lekiem zawierającym arsen, które były dostępne już na początku eksperymentu.
Zakładano początkowo, że badanie będzie trwać 6–9 miesięcy, lecz kontynuowano je przez 40 lat i zakończono w 1972, długo po tym, jak żony i dzieci zostały zakażone kiłą, a wielu mężczyzn umarło z powodu tej choroby. Oszacowano, że w wyniku eksperymentu zmarło ponad 100 osób. Badanie zakończono z powodu publikacji na ten temat w „”. Rządowi wytoczono proces z powództwa cywilnego. Dokonano ugody poza procesem, w wyniku czego żyjący uczestnicy badania i ich potomkowie otrzymali 10 milionów dolarów odszkodowania. Po dokonaniu rekompensaty rząd wprowadził akt prawny National Research Act, na podstawie którego instytucje rządowe miały obowiązek obserwowania i zaaprobowania wszystkich badań medycznych z udziałem ludzi.