Podstawową jednostką w ZKE był autonomiczny zbór, który posiadał osobowość prawną. Zbór miał prawo decydowania o przyjęciu lub wykluczeniu własnych członków. Do większych osiągnięć Kościoła należą zbudowanie kaplicy centralnej w Warszawie, zorganizowanie Domu Starców w Ostródzie oraz działalność wydawnicza, w tym wydawanie miesięcznika „Chrześcijanin”. ZKE należał do Polskiej Rady Ekumenicznej.
Historia ZKE mały|S. Krakiewicz w kaplicy centralnej (1974)
Pierwsze inicjatywy zjednoczeniowe W społecznościach typu ewangeliczno-baptystycznego na ziemiach polskich pierwsza idea zjednoczeniowa pojawiła się po zakończeniu wojny polsko-bolszewickiej, a dotyczyła Związku Zborów Słowiańskich Baptystów i Związku Ewangelicznych Chrześcijan. W 1923 w Brześciu utworzono Zjednoczenie Ewangelicznych Chrześcijan i Baptystów w Polsce, jednak już po dwóch latach, ze względu na odmienne podejście do służby wojskowej, baptyści zdecydowali się na samodzielną działalność.
Idee zjednoczeniowe ponownie ożyły podczas II wojny światowej i były aktualne bezpośrednio po jej zakończeniu. Często cytowano biblijne hasło „aby wszyscy byli jedno” (J 17,21).