Mrózek zwołał w Chorzowie konferencję dla wolnych chrześcijan, na której podjęto decyzję o wystąpieniu z Polskiego Kościoła Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów. W związku pozostali tylko baptyści, którzy zachowali legalizację oraz nazwę. Niedługo po tym z nazwy usunięto człon „Ewangelicznych”, tak powstała nazwa Polski Kościół Chrześcijan Baptystów. Innym powodem rozpadu tego Kościoła była przewaga liczebna baptystów. Liczba baptystów wynosiła wtedy około 2000 członków, podczas gdy pozostałe ugrupowania miały 1500 członków łącznie.
Jeszcze w trakcie istnienia PKEChB pojawiła się konkurencyjna inicjatywa zjednoczeniowa. W listopadzie 1946 odbyła się w Ustroniu konferencja pięciu wspólnot ewangelikalnych. Nie uczestniczyli w niej baptyści. 16 lutego 1947 utworzono Tymczasowy Komitet Unii Kościołów Ewangelicznych w Polsce. Należeli do niego: Związek Ewangelicznych Chrześcijan, Związek Chrześcijan Wiary Ewangelicznej, Zjednoczenie Kościołów Chrystusowych, Związek Wolnych Chrześcijan (wciąż jeszcze wchodzili w skład PKEChB) i Związek Stanowczych Chrześcijan. Prezesem został Stanisław Krakiewicz. Niedługo potem ZKCh i ZChWE wycofały się z prac Komitetu.