Przynależność do PRE rozumiano jako współpracę „pod względem administracyjnym”, natomiast nie „duchowym czy dogmatycznym”.
Aresztowanie duchownych
thumb|Teodor Maksymowicz Pomimo iż idea zjednoczeniowa była wspierana przez władze państwowe, to jednak odmawiano legalizacji Kościoła i prześladowano jego działaczy. Jeszcze na przełomie lat 1947/1948 zaczęto gromadzić informacje o działaczach Kościoła. W nocy z 19 na 20 września 1950 roku przywódcy Kościoła zostali aresztowani przez Urząd Bezpieczeństwa, zamknięto również wszystkie obiekty sakralne należące do Kościoła. W wyniku tej akcji aresztowano 199 osób z Kościołów typu ewangeliczno-baptystycznego (tj. ZKE, KChWE i ZKCh). Aresztowano nie tylko duchownych Kościoła, ale także szczególnie aktywnych wiernych. Zarekwirowano niektóre kaplice, literaturę, śpiewniki i wyposażenie zborów. Mienie zarekwirowane w wyniku tej akcji w przeważającej części nigdy nie wróciło do właścicieli.