Grodzisko We wsi znajduje się grodzisko kultury łużyckiej zlokalizowane na wyeksponowanym skraju zbocza o wysokości 80 m, stromo opadającego ku Wiśle. U jego podnóża znajduje się tzw. Reptówka – odcięte od nurtu głównego starorzecze Wisły. Na terenie wsi znajdywano relikty ceramiczne i metalowe, cmentarzyska popielnicowe. Śladami kontaktów handlowych z okresu wpływów rzymskich są monety rzymskie, paciorki szklane, wisiorki, misy, dzbany i wiadra.
W latach 2005–2009 badania wykopaliskowe średniowieczno-nowożytnego zespołu osadniczego w Pniu przeprowadzał Zakład Archeologii Średniowiecza i Czasów Nowożytnych Instytutu Archeologii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Podczas badań odkryto ślady drewnianego zamku krzyżackiego prokuratora, funkcjonującego tu w latach 1411–1422, a poniżej pozostałości wczesnośredniowiecznego wału grodowego, wykonanego z drewna, gliny i kamieni. Czas jego powstania określono połowę X wieku. W 2007 roku wydobyto ogółem ok. 1200 fragmentów naczyń ceramicznych, z tego ok. 700 ułamków egzemplarzy wczesnośredniowiecznych i ok. 500 późnośredniowiecznych oraz 23 jamy grobowe.