Powróciwszy rok później do Paryża poświęcił się badaniom naukowym. Od 1863 r. znów deputowany, został ponownie przywódcą opozycji. W 1870 r. przeciwnik przedwczesnego wypowiedzenia wojny Prusom. Daremnie zabiegał w swej podróży o pomoc mocarstw dla Francji.
W opozycji do Napoleona III Bonaparte, którego nie doceniał i uważał za figuranta, którym łatwo będzie manipulować. W czasie wojny francusko-pruskiej w 1871 roku przyjął bardzo korzystne dla Francji warunki zawieszenia broni i poddał Paryż wojskom pruskim oraz krwawo stłumił Komunę Paryską, za co obdarzony został epitetem "krwawy karzeł”. Od 31 sierpnia 1871 stał na czele rządu, będąc prezydentem III Republiki, układał się z Bismarckiem o pokój; dzięki niemu Francja szybko spłaciła kontrybucję wojenną i już w 1873 r. została zwolniona od okupacji. Został obalony 24 maja 1873 przez Zgromadzenie Narodowe. Wraz z republikanami doszedł ponownie do władzy w 1877 r.
Jest autorem wielotomowych Historii Rewolucji Francuskiej (1823-1827, 6 tomów) oraz Historii Konsulatu i Cesarstwa (1845-1862, 20 tomów)Wydanie polskie w tłumaczeniu Leona Rogalskiego, t. I-XI, nakładem S. Orgelbranda, Warszawa 1846-1866;