Uchodząca do Morza Japońskiego na wysokości wyspy Sado rzeka Shinano (376 km) – najdłuższa w Japonii – oddziela Mikuni od położonych na zachód od nich Alp Japońskich, które zajmują centralną część Honsiu zwaną Chūbu. W ich skład wchodzą trzy główne, biegnące południkowo, a równolegle względem siebie pasma: Hida na północy, Kiso w strefie środkowej oraz Akaishi na południu. Na wschód od tych ostatnich, a na północ od wcinającego się w Pacyfik półwyspu Izu znajduje się masyw wulkanu Fudżi (3776 m) – najwyższego szczytu Japonii.

W południowo-wschodniej części Honsiu rozciąga się równina Kantō (13 tys. km²) – największy obszar nizinny, w którego południowej części nad Zatoką Tokijską leży Tokio, stolica państwa. Samą zatokę od otwartego oceanu oddzielają nizinne półwyspy: Miura i Bōsō. Na zachód od Alp Japońskich leżą pasma górskie: Ryōhaku, Ibuki oraz Yōrō. Na północ od nich głęboko w Morze Japońskie wcina się, w przeważającej części nizinny, półwysep Noto, a na południe od owych gór rozpościera się niewielka nizina Nōbi.