Alternatywny model ligi językowej, czyli grupy pierwotnie bliżej niespokrewnionych języków, które upodobniły się do siebie przez wzajemne oddziaływanie, jest w obliczu tych zaobserwowanych cech wykluczany przez badaczy.
Należy też podkreślić, że kwestia poszukiwania praojczyzny indoeuropejskiej – która znajduje się w kręgu zainteresowań indoeuropeistów – jest kwestią językową, nie genetyczną.
Pochodzenie prajęzyka thumb|Drzewo hipotetycznych makrorodzin nostratycznej i eurazjatyckiej według Allana Bomharda Pochodzenie języka praindoeuropejskiego oraz jego pokrewieństwo filogenetyczne nie jest bliżej znane. Na podstawie pewnych obserwowanych zbieżności morfologicznych i fonologicznych niektórzy językoznawcy próbują wiązać rodzinę języków indoeuropejskich z innymi.
Stosunkowo często postulowane jest pokrewieństwo z rodziną języków uralskich, która to wraz z indoeuropejskimi miałaby tworzyć nadrodzinę indo-uralską. Współcześnie zwolennikami hipotezy indo-uralskiej są Alwin Kloekhorst i Frederik Kortlandt. Według tego drugiego ludność praindouralska zamieszkiwała tereny na południu od Uralu.